Η διάκριση των διαφορών σε ουσίας και ακυρωτικές αναφέρει πως οι ουσίας που αφορούν όχι μόνο την ακύρωση αλλά και την τροποποίηση μιας πράξης και αναφέρονται σε νομικά και πραγματικά περιστατικά ρυθμίζονται στα τ.δ.δ. Πρόκειται κυρίως για υλικές πράξεις και συμβάσεις ενώ οι ακυρωτικές διάφορες αφορούν κυρίως ατομικές εκτελεστές πράξεις και είναι αυτές που ρυθμίζονται στο ΣτΕ. Οι σπουδαιότερες διαφορές ουσίας είναι οι φορολογικές, κοινωνικές ασφαλιστικές, οι διαφορές υγειονομικού περιεχομένου ενώ υπάρχουν και κάποιες ακυρωτικές διαφορές που ρυθμίζονται και αυτές στα τ.δ.δ και κυρίως στο διοικητικό εφετείο, όπως οι πολεοδομικές, υπαλληλικές και εκπαιδευτικές.
Το ΣτΕ ιδρύθηκε αρχικά στην Ελλάδα το 1835 και είχε τόσο γνωμοδοτική αρμοδιότητα επι σχεδίων διαταγμάτων όσο και δικαστική δικαιοδοσία. Το ΣτΕ ανασυστάθηκε με ασθενέστατη κοινοβουλευτική πλειοψηφία με τα άρθρα 83-86 του Συντάγματος του 1864.Η αρμοδιότητα του ΣτΕ είναι να επιλύει τις ακυρωτικές διαφορές που κυρίως προέρχονται από ατομικές εκτελεστές πράξεις διοικητικών αρχών για παράβαση νόμου και κατάχρηση εξουσίας. Το ΣτΕ ρυθμίζει ακόμη και τις διαφορές ουσίας που προέρχονται από το Σύνταγμα και τους νόμους καθώς και την ύστερα από αίτηση αναίρεση των τελεσίδικων αποφάσεων των τ.δ.δ.
Το κατεξοχήν ένδικο βοήθημα που μπορεί να ασκήσει κάθε διάδικος για να επιλύσει τις ακυρωτικές διαφορές στο ΣτΕ είναι η αίτηση ακυρώσεως. Οι ουσιαστικές διαφορές επιλύονται στα τ.δ.δ κυρίως με το ένδικο βοήθημα της προσφυγής, της αγωγής αν ο διάδικος αξιώνει την αναγνώριση η καταδίκη χρηματικής αποζημίωσης και της ανακοπής εκτελέσεως που αφορά ένδικο βοήθημα που ελέγχει κατά νόμο και ουσία τις προσβαλλόμενες πράξεις που μπορεί να τις ακυρώσει αλλά και να τις τροποποιήσει ενώ αφορά κυρίως εκτελεστές πράξεις (πράξεις ταμειακής βεβαίωσης, κατασχετήριας έκθεσης και προγράμματος πλειστηριασμού όπως προβλέπεται στο 217παρ1ΚΔΔικ).
Η αίτηση ακυρώσεως είναι το ένδικο βοήθημα που δικάζει ακυρωτικές διαφορές και ελέγχει την πράξη μόνο κατά νομιμότητα και όχι και κατά ουσία. Προβλέπεται, όμως και νομοθετικά πως υπάρχουν και ακυρωτικές υποθέσεις που ρυθμίζονται με αίτηση ακυρώσεως όχι στο ΣτΕ αλλά στο διοικητικό εφετείο. Πράγματι, οι υπαλληλικές διαφορές που ρυθμίζουν την υπηρεσιακή κατάσταση των λειτουργών και υπαλλήλων, οι εκπαιδευτικές που αφορούν εκπαιδευτές, φοιτητές, μαθητές και μετεκπαιδευόμενους και οι πολεοδομικές που σχετίζονται με την έκδοση οικοδομικών αδειών ρυθμίζονται στο διοικητικό εφετείο. Με αίτηση ακυρώσεως προσβάλλονται εκτελεστές πράξεις των διοικητικών αρχών και των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου, που δεν υπόκεινται σε άλλο ένδικο μέσο ενώπιον δικαστηρίου (άρθρο 45π.δ 18/1989).Η αίτηση ακυρώσεως ασκείται μέσα σε προθεσμία εξήντα ημερών που αρχίζει από την επόμενη της κοινοποίησης της προσβαλλόμενης πράξης ενώ αναστέλλεται κατά τη διάρκεια των δικαστικών διακοπών.(1Ιουλ-15Σεπτεμβ) και για λόγους ανωτέρας βίας. Για να ασκήσει ιδιώτης η νομικό πρόσωπο αίτηση ακυρώσεως πρέπει να συντρέχει έννομο συμφέρον, δηλαδή αυξημένο ενδιαφέρον ιδιώτη λόγω της ιδιότητας του για τη νομιμότητα της διοικητικής πράξης. Οι λόγοι ακυρώσεως όπως προβλέπονται και νομοθετικά στο άρθρο 48 π.δ18/1989 και πρέπει να αναφέρονται στο δικόγραφο είναι αναρμοδιότητα της αρχής, παράβαση τύπου και νόμου καθώς και κατάχρηση εξουσίας.
Η αίτηση ακυρώσεως είναι ένα ένδικο βοήθημα που ασκείται στο ΣτΕ έπειτα από κατάθεση, έκδοση και κοινοποίηση δικογράφου. Ορίζεται και αντίκλητος που υπογράφει το δικόγραφο ενώ πρέπει να αναγράφεται η διεύθυνση του και να κατοικεί στην Αθήνα αν δεν προέρχεται από το Πρωτοδικείο Αθηνών. Έξι ημέρες πριν τη δικάσιμο μπορούν να κατατεθούν και υπομνήματα που δεν αναφέρουν πρόσθετους λόγους ακυρώσεως αλλά θεμελιώνουν έννομο συμφέρον του ασκούντος την αγωγή που αφορά κυρίως τα νομικά και πραγματικά περιστατικά της υπόθεσης.